بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها در سطح مولكول DNA

بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها در سطح مولكول DNA

ژنوم ارقام سیب
روابط ژنتیکی ارقام و پایه های سیب
بررسی تنوع ژنتیکی سیب
تنوع ژنتیکی سیب با نشانگر SSR
شناسایی مولکولی ارقام و پایه های سیب توسط نشانگر SSR
ارزیابی روابط ژنتیکی تنوع انواع سیب به کمک مارکر SSR
بررسی ژنوم ارقام سیب
بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها

رفتن به سایت اصلی

دانلود پایان نامه رشته کشاورزی

بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها در سطح مولكول DNA

 

 

 

چکیده:

ثبت و شناسایی ارقام و پایه های گیاهی و تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها مستلزم دسترسی به روشهای دقیق و قابل تکراری که از شرایط محیطی متأثر نباشد، می باشد. روشهای سنتی تعیین هویت بر اساس مشاهده ظاهری درخت و میوه است.  با توجه به اینکه بسیاری از خصوصیات ظاهری تحت تأثیر عوامل محیطی قرار می گیرند، این روش قابل اعتماد نیست.با استفاده از نشانگرها در سطح ملکول DNA می توان اطلاعات دقیقی از ژنوم گیاهان بدست آورد.از جمله نشانگرهای معتبر در بررسی ژنوم سیب، نشانگر SSR است که بدلیل تکرارپذیری بالا، ایجاد الگوی باندی نسبتاً ساده و توارث همبارز در بررسی تنوع ژنتیکی و شناسه دار کردن ارقام و  پایه های سیب کارایی بالایی دارد.

 

در بررسی حاضر از 5 جفت نشانگر پلی مورفیک SSR بر روی 24 رقم و پایه سیب بمنظور تهیه شناسنامه ژنتیکی برای بعضی از ارقام و پایه ها و همچنین تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها استفاده شد. نمونه های برگی از کلکسیون سیب جمع آوری و DNA آنها استخراج شدند و سپس با استفاده از نشانگرهای اختصاصی SSR مورد تکثیر قرار گرفتند.  پس از الکتروفورز عمودی در دستگاه توالی یاب  DNA در ژل پلی آکریل آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره در مجموع 52 آلل پلی مورفیک در 5 لوکوس ریزماهوار ( میانگین 4/10 در هر لوکوس) شناسایی شدند.

تجزیه کلاستر بطور جداگانه برای ارقام و پایه ها بر اساس حضور و عدم حضور باند با استفاده از برنامه NTSYS و ضریب تشابه Dice  مبتنی بر UPGMA انجام گرفت.  دندوگرام حاصل از ارقام نشان داد که ارقام مورد بررسی تنوع زیادی داشتند و در 6 کلاستر جای گرفتند و سیبهای گلاب مورد بررسی توسط این 5 جفت نشانگر از هم تفکیک شدند.  در دندوگرام پایه ها شباهت دو پایه MM111و  MM106 مشاهده گردید.با استفاده از 3 آغازگر (CH01H01,02B1,CH02B10) باندهای اختصاصی در ارقام (24 رقم) مشاهده شد. همچنین اگوی نواربندی اختصاصی برای بعضی از ارقام در هر آغازگر بدست آمد.  در نهایت این 5 آغازگر توانستند آللهای اختصاصی مربوط به پایه ها را تعیین کنند.

 

 

 

 

کلمات کلیدی:

مارکر SSR

شناسایی مولکولی

ارقام و پایه های سیب

 

 

 

 

 

مقدمه   

مهمترین درختان میوه ای که در مناطق معتدله و سردسیری به صورت اهلی درآمده‌اند در خانواده گلسرخیان  قرار دارند مانند سیب، گلابی، آلوچه، گیلاس و….. .  سیب از نظر اقتصادی بیشترین اهمیت را در بین محصولات درختی مناطق معتدله و سردسیری دارد و تعداد زیادی از ارقام تجاری آن به دلیل گرده‌افشانی باز، تلاقی‌های كنترل شده و یا تلقیح موتاسیون سوماتیكی با ارقام سازگار، قابل استفاده در برنامه‌های اصلاحی اند. یك مشكل قابل توجه در صنعت سیب و فراورده های آن تعیین هویت ارقام آن می‌باشد. روشهای سنتی تعیین هویت بر اساس مشاهده ظاهری درخت ومیوه است. با توجه به اینكه بسیاری از خصوصیات ظاهری تحت تأثیر عوامل محیطی قرار  می گیرند، این روش، قابل اعتماد نیست. روش دیگر برای تعیین هویت ارقام استفاده از نشانگر می باشد. استفاده از نشانگرها در سطح مولكول DNA  دقیق ترین روش بررسی است که جزئیات بیشتری از ژنوم ارقام سیب را ارائه می‌دهد. ازجمله نشانگرهای معتبردر بررسی ژنوم سیب، نشانگر  SSRاست که به دلیل قابلیت تکرارپذیری بالا، ایجاد الگوی باندی نسبتاً ساده و توارث هم بارز، در بررسی تنوع ژنتیکی و شناسه دار کردن ارقام سیب کارایی بالایی دارد. در این تحقیق با استفاده از نشانگرهای منتخب SSR تنوع ژنتیکی 29 رقم و پایه سیب و امکان دستیابی به نوارهای اختصاصی DNA در هر یک از ارقام و پایه ها مورد بررسی قرار گرفت.

 

 

 

 

فهرست مطالب

چکیده: 1

مقدمه 2

 

فصل اول:بررسی منابع و کلیات 3

1-1- تاریخچه و گسترش سیب در جهان 4

2-1- درخت سیب و خواص بتانیكی آن 5

3-1- فرآورده‌های سیب 6

4-1- خواص دارویی سیب 6

5-1- ارزش غذایی سیب 7

6-1- پایه‌های سیب 8

1-6-1-پایه‌های بذری 8

2-6-1- پایه‌های رویشی(غیر بذری) 9

1-2-6-1-پایه‌های مالینگ 9

2-2-6-1- پایه های مالینگ مرتون 10

3-2-6-1-پایه های بوداگوسکی 11

7-1- زیست شناسی مولكولی 11

1-7-1- نشانگر 11

2-7-1- هدف از كاربرد نشانگر 11

3-7-1- انواع نشانگرهای ژنتیكی 12

1-3-7-1- نشانگرهای ریخت‌شناسی (مورفولوژیكی) 12

2-3-7-1- نشانگرهای سیتوژنتیكی 12

3-3-7-1- نشانگرهای ملکولی در سطح پروتئین 12

4-3-7-1- نشانگرهای مولكولی در سطح  DNA 13

5-3-7-1- انواع نشانگرهای DNA 14

الف) نشانگرهای DNA غیر مبتنی بر PCR

– تفاوت طول قطعات حاصل از هضم (RFLP)  14

–  تعداد متفاوت ردیف‌های تكراری و ماهوارك‌ها (VNTR   & Minisatellites)  15

–  پویش ژنومی نشانه‌های هضم (RLGS)  15

ب) نشانگرهای DNA مبتنی بر PCR 15

4-7-1- ردیف‌های تكراری 17

1-4-7-1- ماهواره‌ها 18

2-4-7-1- ماهوارك‌ها 18

3-4-7-1- ریز ماهواره‌ها (میكروستلایت‌ها یا SSR) 19

5-7-1- چگونگی ایجاد میكروستلایت‌ها 20

6-7-1- خصوصیات نشانگرهای SSR 20

7-7-1- كاربردهای نشانگرهای SSR 21

8-7-1- مزایای ریز ماهواره ها 21

9-7-1- معایب ریز ماهواره‌ها 22

10-7-1- اساس چند شكلی در جایگاههای ریزماهواره 23

1-10-7-1-  مدل کراسینگ اور نا متقارن (UCO)  23

2-10-7-1- مدل سر خوردن پلیمراز هنگام همانند سازی(SSM) 24

8-1- واكنش زنجیره ای پلیمراز 24

1-8-1- اجزای واکنش PCR 24

1-1-8-1- آنزیم 24

2-1-8-1-مخلوط ذروكسی نوكلئوتید تری فسفات ( dNTPs ) 25

3-1-8-1-  DNA الگو 25

4-1-8-1-  آغازگرها 25

5-1-8-1- بافرها و كلرید منیزیوم 26

2-8-1- عوامل مؤثر براختصاصی بودن واكنش PCR 26

1-2-8-1- غلظت مخلوط  PCR 26

2-2-8-1- دما 27

3-2-8-1- تعداد و طول سیكل 27

4-2-8-1- افزاینده های PCR 27

3-8-1- (TD-PCR) Touch Down PCR 27

4-8-1- PCR  آشیانه ای 28

9-1- الكتروفورز ژل آگارز 28

10-1- الكترفورز ژل پلی آكریل آمید 29

11-1- مروری بر تحقیقات انجام شده توسط نشانگر SSR 29

 

فصل دوم مواد و روشها 31

1-2- مواد گیاهی 32

2-2- استخراج DNA 36

1-2-2- استخراجDNA به روش دلاپورتا 36

2-2-2- استخراج DNA به روش  CTAB 37

3-2- تعیین کیفیت نمونه های DNA 38

4-2- تعیین کمیت نمونه های DNA 39

5-2- PCR 39

1-5-2- اجزای واکنش  زنجیره‌ای پلیمراز 39

1-1-5-2- آغازگرها 39

2-1-5-2- آنزیم Taq DNA polymerase 40

3-1-5-2- بافر PCR 41

4-1-5-2- کلرید منیزیوم 41

5-1-5-2- dNTP 41

2-5-2- بهینه سازی واکنش زنجیره‌ای پلیمراز 42

6-2- الكتروفورز فراورده های PCR 43

1-6-2- الكتروفورز افقی در ژل آگارز 43

2-6-2- الكتروفورز عمودی در ژل پلی آکریل آمید 43

1-2-6-2- تیمار شیشه‌ها 44

2-2-6-2- تزریق ژل 44

3-2-6-2- گرم نمودن ژل 45

4-2-6-2- واسرشته سازی محصولات PCR 45

3-6-2 رنگ آمیزی ژل 46

7-2- تجزیه و تحلیل داده ها 47

1-7-2- امتیازدهی باندها 47

2-7-2- تجزیه خوشه ای 48

3-7-2-تعیین اندازه باندها و الگوی نواربندی اختصاصی 48

 

فصل سوم نتیجه گیری و بحث 49

1-3- نتایج استخراج DNA 50

2-3- بهینه سازی دمای اتصال آغازگرها 52

3-3- بهینه سازی روش PCR 52

4-3- بررسی نهایی نتایج حاصل از PCR 52

5-3- بررسی چند شکلی های SSR 54

6-3- بررسی و تحلیل روابط خویشاوندی بین ارقام 57

7-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای ارقام 60

7-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای ارقام 61

1-7-3- تعیین آللهای اختصاصی 61

2-7-3- الگوی نواربندی اختصاصی در ارقام 61

8-3- بررسی میزان خویشاوندی بین پایه ها 64

9-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای پایه ها 65

1-9-3- تعیین آللهای اختصاصی 65

 

فصل چهارم:نتیجه گیری کلی و پیشنهادات 75

نتیجه گیری کلی 80

پیشنهادات 84

ضمائم 87

منابع و مآخذ: 90

 

 

  • مبانی نظری تاثیر کیفیت درک شده و اعتبار برند بر ابعاد ارزش ویژه برند سبز

    مبانی نظری تاثیر کیفیت درک شده و اعتبار برند بر ابعاد ارزش ویژه برند سبز اعتبار برند کیفیت درک شده برند ارزش درک شده برند سبز ابعاد ارزش ویژه برند سبز عوامل موثر بر ارزش ویژه برند سبز تاثیر اعتبار…

  • دانلود مبانی نظری و پیشینه تحقیق تمرکز مالکیت 48 صفحه

    دانلود مبانی نظری و پیشینه تحقیق تمرکز مالکیت 48 صفحه کلمات کلیدی : فصل دوم پایان نامه تمرکز مالکیت مبانی نظری تمرکز مالکیت پیشینه تحقیق تمرکز مالکیت پیشینه داخلی تمرکز مالکیت پیشینه خارجی تمرکز مالکیت پیشینه پژوهش تمرکز مالکیت پیشینه…

  • پرسشنامه تاثیر رابطه بازاریابی و فروش بر روی خلق ارزش برتر مشتری

    پرسشنامه تاثیر رابطه بازاریابی و فروش بر روی خلق ارزش برتر مشتری پرسشنامه بازاریابی و فروش پرسشنامه خلق ارزش برتر مشتری پرسشنامه قابلیت بازاریابی رفتن به سایت اصلی دانلود پرسشنامه پایان نامه رشته مدیریت پرسشنامه تاثیر رابطه بازاریابی و فروش بر روی خلق ارزش…

  • بررسی سبک ها و راهبردهای مقابله ای با استرس در ورزشکاران

    بررسی سبک ها و راهبردهای مقابله ای با استرس در ورزشکاران کلمات کلیدی : انواع سبكهاي مقابله نظریه های سبكهاي مقابله پایان نامه سبكهاي مقابله عوامل مؤثر بر انتخاب سبكهاي مقابله سبكهاي مقابله و نقش آن در بروز بيماريها ويژگيهاي…

  • پاورپوینت رسالت يا ماموريت در مدیریت استراتژیک صنعتی (همراه با مطالعه موردی)

    پاورپوینت رسالت يا ماموريت در مدیریت استراتژیک صنعتی (همراه با مطالعه موردی) کلمات کلیدی : پاورپوینت رسالت يا ماموريت در مدیریت استراتژیک صنعتی پاورپوینت مدیریت استراتژیک صنعتی پاورپوینت رسالت يا ماموريت بيانيه ماموريت بيانيه ماموريت سازمان اجزاي بيانيه ماموريت بيانيه…

  • جزوه حقوق تجارت 2

    جزوه حقوق تجارت 2 کلمات کلیدی : جزوه حقوق تجارت 2 رفتن به سایت اصلی جزوه حقوق تجارت 2 شرکت های تجاری دکتر فخاری 70 صفحه pdf منظم و با فهرست مناسب مطالعه و آمادگی امتحان

  • پرسشنامه بررسی تأثیر روانی ادراکی و درگیری ذهنی پایدار بر درگیری ذهنی موقعیتی در خریدهای آنلاین

    پرسشنامه بررسی تأثیر روانی ادراکی و درگیری ذهنی پایدار بر درگیری ذهنی موقعیتی در خریدهای آنلاین پرسشنامه روان سازی ادراکی پرسشنامه تلاش شناختی پرسشنامه درگیری پایدار پرسشنامه لذت بخش بودن پرسشنامه درگیری موقعیتی پرسشنامه قصد خرید رفتن به سایت اصلی…

  • پاورپوینت فصل پنجم کتاب تئوری حسابداری مالی اسکات ترجمه پارسائیان با موضوع روش مبتنی بر اطلاعات

    پاورپوینت فصل پنجم کتاب تئوری حسابداری مالی اسکات ترجمه پارسائیان با موضوع روش مبتنی بر اطلاعات کلمات کلیدی : پاورپوینت فصل پنجم کتاب تئوری حسابداری مالیتألیف ویلیام اسکات ترجمه دکتر علی پارسائیان پاورپوینت روش مبتنی بر اطلاعات: سودمندی اطلاعات از…

  • جزوه مدیریت منابع انسانی پیشرفته بر اساس کتاب دکتر عباسپور

    جزوه مدیریت منابع انسانی پیشرفته بر اساس کتاب دکتر عباسپور جزوه مدیریت منابع انسانی پیشرفته دکتر عباسپور رفتن به سایت اصلی جزوه مدیریت منابع انسانی پیشرفته بر اساس کتاب دکتر عباسپور مخصوص دانشجویان ارشد مطالعه و جمع بندی برای امتحانات…

  • مبانی نظری پیاده سازی موفق سیستمهای ERP با مدیریت دانش

    مبانی نظری پیاده سازی موفق سیستمهای ERP با مدیریت دانش مبانی نظری مدیریت دانش مبانی نظری برنامه ریزی منابع سازمان مبانی نظری پیاده سازی موفق erp در سازمان پیاده سازی موفق erp طراحی مدلی جهت پیاده سازی موفق erp در…

  • پرسشنامه تجربیات مربوط به روابط نزدیک و صمیمانه والر، فرالی و برنان

    پرسشنامه تجربیات مربوط به روابط نزدیک و صمیمانه والر، فرالی و برنان کلمات کلیدی : پرسشنامه سبک های دلبستگی پرسشنامه سبک های دلبستگی بزرگسالان نسخه تجدید نظر شده پرسشنامه تجربیات پرسشنامه تجارب شخص در روابط صمیمانه پرسشنامه ارزیابی سبک های…

  • مبانی نظری و پیشینه تحقیق معیارهای ارزیابی عملکرد اقتصادی 30 صفحه

    مبانی نظری و پیشینه تحقیق معیارهای ارزیابی عملکرد اقتصادی 30 صفحه کلمات کلیدی : مبانی نظری معیارهای ارزیابی عملکرد اقتصادی ادبیات و مبانی نظری معیارهای ارزیابی عملکرد اقتصادی پیشینه تحقیق معیارهای ارزیابی عملکرد اقتصادی دانلود پیشینه تحقیق معیارهای ارزیابی عملکرد…

  • ملاحظات خاص ایمنی، بهداشتی و زیست محیطی و روشهای کنترل آن در پروژه های عمرانی

    ملاحظات خاص ایمنی، بهداشتی و زیست محیطی و روشهای کنترل آن در پروژه های عمرانی ارزیابی عملکرد HSE سازمان ارزیابی عملکرد HSE پیمانکاران الزامات سیستم مدیریت ایمنی، بهداشت محیط‌زیست   تکنیک‌های مورد استفاده در مدیریت HSE ابزارهای مورد استفاده در مدیریت…

  • دانلود پرسشنامه تعارض سازمانی بین فردی با روایی و پایایی 

    دانلود پرسشنامه تعارض سازمانی بین فردی با روایی و پایایی  کلمات کلیدی : دانلود پرسشنامه تعارض بین فردی پرسشنامه تعارض سازمانی رابینز پرسشنامه تعارضات سازمانی پرسشنامه استاندارد تعارض سازمانی پرسشنامه مدیریت تعارض سازمانی پرسشنامه حل تعارض سازمانی رابینز دانلود پرسشنامه…

  • مبانی نظری و پیشینه تحقیق رفتار جنسی 65 صفحه

    مبانی نظری و پیشینه تحقیق رفتار جنسی 65 صفحه کلمات کلیدی : فصل دوم پایان نامه رفتار جنسی مبانی نظری رفتار جنسی پیشینه تحقیق رفتار جنسی پیشینه داخلی رفتار جنسی پیشینه خارجی رفتار جنسی پیشینه پژوهش رفتار جنسی پیشینه نظری رفتار…

  • مبانی نظری و پیشینه تحقیق مدیریت منابع انسانی 67 صفحه

    مبانی نظری و پیشینه تحقیق مدیریت منابع انسانی 67 صفحه کلمات کلیدی : مبانی نظری مدیریت منابع انسانی پیشینه تحقیق مدیریت منابع انسانی مبانی نظری و پیشینه پژوهش مدیریت منابع انسانی پیشینه تحقیق و مبانی نظری مدیریت منابع انسانی دانلود…

  • مبانی نظری و پیشینه تحقیق مدیریت عملکرد

    مبانی نظری و پیشینه تحقیق مدیریت عملکرد مبانی نظری مدیریت عملکرد ادبیات و مبانی نظری مدیریت عملکرد پیشینه تحقیق مدیریت عملکرد دانلود پیشینه تحقیق مدیریت عملکرد دانلود مبانی نظری مدیریت عملکرد فصل دوم پایان نامه مدیریت عملکرد ادبیات نظری مدیریت…

  • مبانی نظری و پیشینه تحقیق صندوق های مشترک سرمایه گذاری

    مبانی نظری و پیشینه تحقیق صندوق های مشترک سرمایه گذاری مبانی نظری صندوق های مشترک سرمایه گذاری دانلود مبانی نظری صندوق های مشترک سرمایه گذاری پیشینه تحقیق صندوق های مشترک سرمایه گذاری ادبیات نظری صندوق های مشترک سرمایه گذاری فصل…

  • فرآیند بودجه بندی سرمایه ای با تاکید بر روشهای ارزیابی پروژه ها

    فرآیند بودجه بندی سرمایه ای با تاکید بر روشهای ارزیابی پروژه ها فرآیند بودجه بندی سرمایه ای ارزیابی پروژه روشهای ارزیابی پروژه ارزیابی پروژه های سرمایه گذاری دانلود پاورپوینت فرآیند بودجه بندی سرمایه ای دانلود پاورپوینت ارزیابی پروژه دانلود پاورپوینت…

  • نمونه فصل سوم پایان نامه کارشناسی ارشد روانشناسی خودکارآمدی تحصیلی

    نمونه فصل سوم پایان نامه کارشناسی ارشد روانشناسی خودکارآمدی تحصیلی کلمات کلیدی : فصل 3 خودکارآمدی تحصیلی فصل سوم خودکارآمدی تحصیلی نمونه فصل سوم خودکارآمدی تحصیلی نمونه فصل سوم پایان نامه روانشناسی فصل سوم پایان نامه ارشد خودکارآمدی تحصیلی فصل…

  • پاورپوینت فصل چهارم کتاب مبانی اقتصاد سنجی گجراتی ترجمه ابریشمی با موضوع مدل نرمال: مدل رگرسيون خطي نرمال كلاسيك

    پاورپوینت فصل چهارم کتاب مبانی اقتصاد سنجی گجراتی ترجمه ابریشمی با موضوع مدل نرمال: مدل رگرسيون خطي نرمال كلاسيك کلمات کلیدی : پاورپوینت مدل نرمال: مدل رگرسيون خطي نرمال كلاسيك پاورپوینت فصل چهارم کتاب اقتصاد سنجی گجراتی پاورپوینت فصل چهارم…

  • بررسی فقهی حقوقی معامله مسلمان با کفار

    بررسی فقهی حقوقی معامله مسلمان با کفار معامله با کافر در قران پایان نامه معامله مسلمان با کافر کاربرد قاعده نفی سلطه در حقوق ایران معامله مسلمان با کافر از دیدگاه فقه امامیه معامله مسلمان با کافر از دیدگاه حقوق…

  • پاورپوینت فیزیولوژی خستگی در ورزش

    پاورپوینت فیزیولوژی خستگی در ورزش کلمات کلیدی : دانلود پاورپوینت فیزیولوژی خستگی در ورزش بررسی فیزیولوژی خستگی در ورزش فیزیولوژی خستگی در ورزش تعريف خستگي سبب شناسي خستگي جايگاه هاي احتمالي خستگي تغييرات عملكردي ناشي از خستگي خستگي مركزي جايگاه…

  • پرسشنامه مقایسه تطبیقی الگوهای ناب و چابک در زنجیره تامین

    پرسشنامه مقایسه تطبیقی الگوهای ناب و چابک در زنجیره تامین کلمات کلیدی : پرسشنامه زنجیره تامین ناب پرسشنامه زنجیره تامین چابک پرسشنامه استراتژی های زنجیره تامین ناب پرسشنامه استراتژی های زنجیره تامین چابک پرسشنامه الگوهای ناب و چابک در زنجیره…

  • دانلود پرسشنامه اشتراک دانش کارکنان چناماننی (چنارانی)

    دانلود پرسشنامه اشتراک دانش کارکنان چناماننی (چنارانی) کلمات کلیدی : پرسشنامه ی تسهیم دانش پرسشنامه اشتراک دانش دانلود پرسشنامه اشتراک دانش پرسشنامه اشتراک دانش چناماننی پرسشنامه به اشتراک گذاری دانش پرسشنامه اشتراک دانش کارکنان پرسشنامه اشتراک دانش کارکنان چنارانی روایی…